Auslöser für eine gesetzliche Regelung der Stammzellenforschung war der Entscheid des schweizerischen Nationalfonds vom Herbst 2001, das Gesuch einer Genfer Forschungsgruppe zu bewilligen, welches den Import von menschlichen embryonalen Stammzellen aus den USA und deren Erforschung vorsah. Das Gesuch machte deutlich, dass bezüglich der Verwendung überzähliger Embryonen und der Forschung an embryonalen Stammzellen in der Schweiz eine Gesetzeslücke bestand. Um Missbrauch vorzubeugen, musste diese Gesetzeslücke möglichst rasch geschlossen werden.
Der Bundesrat entschied deshalb im Hinblick auf die Forschung an embryonalen Stammzellen ein eigenes Bundesgesetz vorzulegen und mit diesem Bereich nicht bis zum Erlass des geplanten Bundesgesetzes über die Forschung am Menschen (Humanforschungsgesetz) zu warten. Am 20. November 2002 legte er basierend auf Artikel 119 der Bundesverfassung einen Entwurf mit dem Kurztitel "Embryonenforschungsgesetz" (EFG) vor.
Der bundesrätliche Entwurf wollte gleichzeitig mehrere Bereiche regeln: Die Forschung am Embryo, die Gewinnung embryonaler Stammzellen aus überzähligen Embryonen zu Forschungszwecken und die Forschung mit embryonalen Stammzellen. Die Stammzellenforschung ist jedoch nicht mit der Embryonenforschung gleichzusetzen. Ziel der Embryonenforschung ist es, mehr über die Entwicklung des Embryos zu erfahren, um Fehlgeburten zu verhindern oder um die Erfolgschancen der In-vitro-Fertilisation zu erhöhen. Mit Hilfe der Stammzellenforschung wird hingegen versucht, die Entwicklung von Zellen zu Geweben und Organen zu verstehen, um geeignet veränderte Zellen therapeutisch nutzen zu können.
Der Ständerat beschloss in der Frühjahrssession 2003 eine Entflechtung der beiden Forschungsbereiche und hat den Gesetzesentwurf zu einem Embryonenforschungsgesetz auf ein Stammzellenforschungsgesetz, dem Bundesgesetz über die Forschung an embryonalen Stammzellen (StFG), reduziert. Der Ständerat stimmte dieser von der ständerätlichen Wissenschaftskommission (WBK-SK) vorgeschlagenen Entflechtung zu, weil er vermeiden wollte, dass die breit abgestützte Zustimmung zur Stammzellenforschung mit einer Diskussion über Reproduktionsmedizin vermischt wird. Die Forschung am Embryo soll erst im geplanten Humanforschungsgesetz geregelt werden.
Das Stammzellenforschungsgesetz wurde in der Schlussabstimmung vom 19. Dezember 2003 mit grossem Mehr angenommen. Der Ständerat stimmte dem Gesetz mit 35 zu 1 Stimmen zu, der Nationalrat befürwortete das neue Gesetz mit 103 zu 57 Stimmen bei 25 Enthaltungen.
Gegen das Stammzellenforschungsgesetz wurde in der Folge das Referendum ergriffen. Die Gruppierungen 'Schweizerische Hilfe für Mutter und Kind', 'Ja zum Leben' und 'Basler Appell gegen Gentechnologie' hatten unanhängig voneinander Unterschriften gesammelt. Die Volksabstimmung fand am 28. November 2004 statt. 66,4% der Wählerinnen und Wähler haben das Stammzellenforschungsgesetz angenommen. Auch die Kantone standen einstimmig hinter dem neuen Bundesgesetz über die Forschung an embryonalen Stammzellen. Am 1. März 2005 trat das Gesetz in Kraft.
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